Aunque parezca sorprendente, los autónomos también enferman y tienen derecho a la baja médica.
¿Pero qué pasa con la cuota de autónomos? ¿Hay que seguir pagándola? ¿Y qué pasa si no se paga?
En este artículo, despejamos las 10 dudas más frecuentes sobre la baja de los autónomos y el pago de su cuota.
Así no solo estarás bien informado: también evitarás sorpresas desagradables.
1) ¿Qué implica estar de baja cuando eres autónomo?
Primero de todo, una aclaración: estar de baja cuando eres autónomo se refiere principalmente a la baja médica.
Pero también a otras situaciones como la baja por maternidad y paternidad.
Por concretar aún más:
- La baja médica por una enfermedad o accidente no laboral (o contingencias comunes), como una gripe o un accidente en tu tiempo libre.
- La baja médica por contingencias profesionales, es decir, una enfermedad o accidente que sufres como consecuencia directa de tu actividad profesional. Por ejemplo, un accidente de tráfico cuando ibas a visitar a un cliente o una enfermedad catalogada en el Real Decreto 1299/2006 de enfermedades profesionales.
- La baja por maternidad o paternidad, para cuidar de tu hijo biológico o adoptado, o un menor en acogida.
- La baja por riesgo durante el embarazo.
- La baja por riesgo durante la lactancia natural.
Todas estas situaciones de baja están cubiertas por el pago de tu cuota de autónomo en la Seguridad Social.
¿Pero qué pasa cuando estás de baja? ¿Debes seguir pagando la cuota?
2) ¿Un autónomo de baja tiene que seguir pagando la cuota de la Seguridad Social?
El pago de la cuota de autónomo es una obligación que tienes al estar dado de alta en el régimen de autónomos (o RETA) de la Seguridad Social.
Pero cuando estás de baja, en algunos casos puedes estar exonerado. O mejor dicho: la obligación la asume tu mutua de autónomo.
Y, en otros, está bonificada casi al completo.
Como esto varía según el tipo de baja, vamos a ir viendo, en lo que sigue, las distintas situaciones.
3) ¿Se paga la cuota de autónomo estando de baja médica?
Cuando estás de baja médica, debes pagar la cuota de autónomos durante los 60 primeros días de baja.
Esto se aplica a los dos tipos de baja médica: por contingencias comunes y profesionales.
Esto quiere decir que si estás de baja médica un mes, deberás pagar la cuota de autónomos igualmente.
Solo a partir del día 61 de baja, se encargará tu mutua de autónomo del pago de tus cuotas.
Lógicamente, el pago (o exoneración) de la cuota afectará a lo que vas a cobrar de baja.
Durante los primeros 60 días, cobrarás menos: ya que a lo que te toca por prestación social, deberás restarle el pago de la cuota.
Aprende más: Baja laboral de los autónomos en 2025: todo lo que necesitas saber
4) ¿Se paga la cuota de autónomo estando de baja por maternidad?
Durante tu baja por maternidad, no tienes que pagar la cuota de autónomos completa.
La Seguridad Social te aplica una bonificación del 100 % de tu cuota por contingencias comunes, que supone un 90 % de lo que pagas de cuota cada mes.
Más en concreto, esto es lo que dice el artículo 38 del Estatuto del trabajo autónomo:
- La bonificación cubre la cuota sobre contingencias comunes calculada sobre tu base media de cotización de los últimos 12 meses (o base reguladora) antes de empezar la baja.
- Si llevas menos de 12 meses de alta como autónomo, se calcula a partir del tiempo que llevas dado de alta.
Por ejemplo, pongamos que como autónoma has cotizado en los últimos 12 meses por la base mínima de 950,98 €.
Esto significa que has pagado una cuota mensual de 298,60 € al mes (en 2025 se aplica el 31,4 % de tipo de cotización sobre tu base).
De esa cuota:
- El 28,30% (269,53 €) corresponde a contingencias comunes.
- El 3,1% restante (29,07 €) se destina a otras coberturas, como el cese de actividad o la formación.
Durante tu baja por maternidad, la bonificación cubre los 269,53 € de contingencias comunes. Así que solo tendrás que pagar 29,07 € al mes.
5) ¿Se paga autónomos estando de baja por paternidad?
La baja de paternidad se igualó a la de maternidad en todos los conceptos.
De hecho, oficialmente, ambas bajas se conocen como prestación por nacimiento y cuidado de un menor. E incluye también la adopción y la acogida.
Pues bien, durante las 16 semanas que dura tu baja de paternidad se aplica la misma bonificación del 100 % de tu cuota por contingencias comunes.
Dicho de otra manera, pagarías una cuota muy, muy reducida del 3,1 % de lo que has cotizado de media en los últimos 12 meses.
Por ejemplo, pongamos que solo llevabas 6 meses de autónomo cuando fuiste padre.
Si durante esos 6 meses cotizaste por la base mínima general (950,98 € al mes), la Seguridad Social tomará como referencia esa base para bonificar tu cuota de autónomo por contingencias comunes.
Es decir, pagarías solo el 3,1 % de tu base. O, lo que es lo mismo: 29,07 € al mes, durante las 16 semanas que estés de baja.
6) ¿Se paga la cuota de autónomo estando de baja por riesgo de embarazo?
Cuando eres autónoma y estás de baja por riesgo de embarazo, se aplica la misma normativa que para la baja por maternidad y paternidad.
Esto quiere decir que tu cuota de autónomos por contingencias comunes está bonificada al 100 % durante el tiempo que estés de baja.
La misma regla (o bonificación) también se aplica si estás de baja por riesgo en la lactancia natural
7) ¿Cómo funciona la exoneración de la cuota de autónomos en la baja por IT en recaídas?
La exoneración de la cuota de autónomos durante una baja por incapacidad temporal (IT), o baja médica, en casos de recaída funciona de manera similar a la baja inicial.
Pero con algunos matices relacionados con la duración y la continuidad de tu baja.
Primero de todo, aclaremos esto de la recaída. ¿Qué entiende la Seguridad Social por recaída? Veamos:
- Una recaída ocurre cuando vuelves a sufrir una incapacidad derivada de la misma enfermedad o lesión que originó la baja anterior.
- No deben haber pasado más de 180 días (6 meses) desde el alta médica. De lo contrario, ya no es una recaída. Por lo que deberás solicitar la baja médica como si fuera distinta.
Aclarado esto, cuando estás de baja por una recaída, puedes beneficiarte de la exoneración total de la cuota de autónomos a partir del segundo mes de baja (día 61).
Por ejemplo, tu primera baja por IT duró 90 días. De esos, solo tuviste que pagar la cuota de los 60 primeros días.
Tres meses después, sufres una recaída. Deberás esperar otros 60 días para poder beneficiarte de la exoneración de la cuota.
8) ¿Y en la baja de larga duración de autónomos, quién paga la cuota?
Cuando la baja es de larga duración (superior a 1 año), tu mutua sigue asumiendo el pago de tu cuota al completo.
Así lo venía haciendo a partir del día 61 de tu baja. Y así seguirá haciéndolo hasta que te den el alta.
Ten presente también que la baja por incapacidad temporal (o baja médica) solo es prorrogable 180 días (o 6 meses) después del año de baja.
Cuando supera ese tiempo, puede que tu mutua valore la incapacidad permanente. En tal caso, no deberías pagar la cuota de autónomo.
Ahora bien, en algunos tipos de incapacidad permanente, también puedes trabajar. Si se da el caso, sí deberías pagar la cuota.
9) Me han cobrado la cuota de autónomos estando de baja, ¿qué puedo hacer?
Si te han cobrado la cuota de autónomos mientras estás de baja, revisa en primer lugar si:
- Se trata de una baja médica. Recuerda que los primeros 60 días debes pagar la cuota al completo.
- Se trata de una baja por maternidad o paternidad, riesgo durante el embarazo o la lactancia: la Seguridad Social solo bonifica el 100 % de la cuota por contingencias comunes. Por lo que seguirás pagando una pequeña cuota cada mes del 3,1 % sobre tu base reguladora.
Si después de haber revisado estos puntos, concluyes que es un error de la Seguridad Social, debes hacer una solicitud de devolución por ingresos indebidos.
Para esto sigue los siguientes pasos:
- Accede a la sede electrónica de la Seguridad Social
- Clica en Ciudadanos y luego en Recaudación:
- Elige la opción Devolución de ingresos de regímenes y sistemas especiales
- Clica en Obtener acceso e identifícate con un certificado electrónico (certificado digital, DNI electrónico o Clave PIN).
- Una vez dentro, elige la opción Solictud de devolución de ingresos y clica en Continuar:
En los Datos de solicitud, indica:
- El tipo de régimen: selecciona el 0521 – Régimen especial de trabajadores autónomos.
- El periodo de liquidación: en qué fechas te cobró la cuota estando de baja.
- El importe solicitado, es decir, lo que te han cobrado de cuota estando de baja.
- El código del motivo: elige el 07 – Beneficios en la cotización no aplicados.
- El detalle de la solicitud. Por ejemplo: “Cobro de la cuota de autónomos estando de baja por incapacidad temporal a partir del día 60 de baja”:
Finalmente, rellena tus datos bancarios y envía la solicitud.
En la siguiente pantalla podrás descargar el justificante de la solicitud con el número de expediente.
Guárdalo bien, porque con ese número podrás consultar el estado de tu solicitud.
¿Cuánto puede tardar la Seguridad Social en resolver tu solicitud?
Tiene un máximo de 6 meses. Así que paciencia 🧘🏼♀️
10) ¿Qué pasa si no pagas la cuota mientras estás de baja?
Si mientras estás de baja dejas de pagar la cuota que te corresponde, la Seguridad Social suspenderá tu prestación.
Es decir, dejarás de recibir la prestación si:
- En los primeros 60 días de baja médica no pagas la cuota.
- En las bajas por maternidad o paternidad, riesgo durante el embarazo o la lactancia natural dejas de pagar la parte de la cuota no relacionada con las contingencias comunes (el 3,1 % de tu base reguladora).
Por ponerte más en contexto: entre los requisitos para recibir una prestación por baja es que estés al corriente en tus pagos de la cuota de autónomo.
Y ese requisito debes seguir cumpliéndolo mientras cobres la baja.
Además, si dejas de pagar la cuota, la Seguridad Social te aplicará recargos e intereses de demora.
Por lo que la factura por estar de baja te saldrá más cara 😬
¿Tienes más dudas sobre el pago de la cuota de autónomos mientras estás de baja?Consulta ahora gratis con uno de nuestros mentores fiscales y te las resolveremos 🤗
